С момента начала массового секвенирования геномов методы биоинформатики и системной компьютерной биологии прочно вошли в арсенал исследовательских инструментов, используемых во всех областях наук о жизни. Однако в последнее десятилетие их значимость еще более возросла: в связи со стремительным развитием омиксных технологий (геномики, транскриптомики, протеомики, метаболомики) и других высокопроизводительных методов экспериментального исследования молекулярно-генетических систем и процессов в генетике произошел информационный взрыв, и она стала главным источником больших данных, перегнав по темпам роста все другие науки и технологии. 

«Огромные объемы и сложность накапливаемых в настоящее время больших генетических данных требуют создания информационно-программных комплексов, основанных на новом поколении методов биоинформатики и системной компьютерной биологии, использующих вычислительные конвейеры, реализующие сложные сценарии анализа и интегрирующие большое количество разнообразных программных продуктов и баз данных, в том числе — с использованием методов искусственного интеллекта», — отметил научный руководитель ИЦиГ СО РАН академик Николай Александрович Колчанов.

Такой подход подразумевает развитие не только собственно биологических методов исследований, но и математического аппарата для работы с ними. Очередным шагом на этом пути стало соглашение о сотрудничестве, заключенное между ИЦиГ СО РАН и ИВМиМГ СО РАН.

Николай Колчанов, Михаил Марченко, директор ФИЦ ИЦиГ СО РАН академик Алексей Кочетов

Прежде всего, речь идет о совместной работе над созданием интегрированной цифровой платформы «Биоинформатика и системная компьютерная биология». «Главная наша задача — совместными усилиями создать программную платформу, объединяющую методы анализа геномной информации и математические методы ее обработки для проведения прорывных исследований в области живых систем», — рассказал директор ИВМиМГ СО РАН, профессор РАН доктор физико-математических наук Михаил Александрович Марченко.

Создаваемый программный комплекс будет ориентирован на поддержку фундаментальных и прикладных исследований в области наук о жизни, в том числе в таких важных направлениях, как биомедицина, фармакология, биотехнологии, сельское хозяйство, экология, биобезопасность.

Кроме того, соглашение подразумевает сотрудничество двух институтов при подготовке специалистов высшей квалификации в области биоинформатики, компьютерной системной биологии, анализа больших данных, анализа изображений, математического моделирования, высокопроизводительных вычислений, а также совместную организацию и координацию научного направления по биоинформатике и компьютерной системной биологии в журнале «Проблемы информатики», издаваемом ИВМиМГ СО РАН. 

По материалам пресс-службы ИЦиГ СО РАН

Больше информации о программе «Академгородок 2.0» и СКИФ — на нашем телеграм-канале

Председатель Сибирского отделения РАН академик Валентин Николаевич Пармон информировал коллег о ходе реализации двух стратегических программ — «Академгородок 2.0» и Плана комплексного развития (ПКР) СО РАН, ориентированного на весь Сибирский макрорегион. Обе начали осуществляться в условиях отсутствия централизованного бюджетного финансирования — в отличие от предшествовавших государственных постановлений о развитии науки в Сибири. «У нас каждый отдельный проект идет по долгой цепочке бюрократических согласований», — подчеркнул глава СО РАН.

Заместитель председателя СО РАН доктор физико-математических наук Сергей Валерьевич Головин более подробно остановился на цели, задачах и механизмах реализации ПКР СО РАН. По мнению ученого, отдельные проекты этого плана должны вписываться в рождающиеся новые форматы организации интеллектуальной деятельности: научно-образовательные центры (среди которых уже образованные в Тюмени и Кемерове), комплексные научно-технические программы полного инновационного цикла (КНТП), территории с высокой концентрацией науки и разработок — такие, как Томск и новосибирский Академгородок. Особое внимание ученый уделил сетевым инициативам, которые могут носить межведомственный и межотраслевой характер, служить эффективным инструментом интеграции науки и высшей школы. «В частности, мы можем вместе создать единую платформу лекционных курсов для дистанционного обучения, а в перспективе — формировать единое образовательное пространство Сибири», — предложил Сергей Головин.

Председатель Совета ректоров ВУЗов Новосибирской области доктор технических наук профессор Николай Васильевич Пустовой предложил активизировать работу этого органа как мозгового центра и координатора совместных действий академических институтов и вузов, ректор Новосибирского государственного архитектурно-строительного университета (Сибстрина) доктор технических наук Леонид Юрьевич Сколубович — включить в орбиту сотрудничества Региональный научно-образовательный центр Российской академии архитектуры и строительных наук (РААС). Директор Института вычислительной математики и математической геофизики СО РАН доктор физико-математических наук Михаил Александрович Марченко рассказал о перспективах высокопроизводительных вычислений в совместных проектах академической и вузовской науки, а также планируемом открытии кафедры математического моделирования и суперкомпьютерных вычислений на факультете информатики и вычислительной техники Сибирского государственного университета телекоммуникаций и информатики (СибГУТИ).

Академик Валентин Пармон напомнил об инициативе «Вернадский» Московского государственного университета им. М. В. Ломоносова, призванной распространить компетенции МГУ на региональные вузы. «На этом фоне единое образовательное пространство Сибири — вполне реализуемая идея, — поделился председатель СО РАН, — Чтобы начать работу по его формированию, нужно во взаимодействии с коллегами из Томска и других городов подготовить необходимые документы». Единый научно-образовательный консорциум Сибирского макрорегиона председатель СО РАН предложил назвать «Менделеев»: «Это самый известный в мире ученый России, сибиряк, уроженец Тобольска, к тому же сделавший очень многое для университетов нашей страны».

На заседании состоялось подписание соглашений между СО РАН и Советом ректоров вузов Новосибирска, а также с Сибирского отделения с Сибстрином и СибГУТИ.

Наука в Сибири

Фото Андрея Соболевского

«СНЦ ВВОД — это флагманский, очень важный, интегрирующий, объединяющий новые направления “Академгородка 2.0” проект, — отметил министр науки и инновационной политики Новосибирской области кандидат физико-математических наук Алексей Владимирович Васильев. — Он развивается довольно динамично и по части поиска и проработки технических, инженерных решений, которые будут использоваться при создании этого центра, и в плане формирования перспективных команд и коллективов».

Алексей Васильев

Министр отметил основные этапы 2019 года, пройденные СНЦ ВВОД: формирование команды, подготовку молодых исследователей, а самое главное — создание исследовательской программы, которая будет реализовываться на вычислительном комплексе, и как следствие — формулировку и уточнение технических и инженерных требований.

«Есть много задач в области обработки данных и в научных исследованиях, которые требуют запланированных нами мощностей», — прокомментировал руководитель координационного совета проекта СНЦ ВВОД, ректор Новосибирского государственного университета академик Михаил Петрович Федорук. Напомним, к 2022 году предполагается достигнуть мощности по крайней мере в 10 петафлопс, объема системы хранения данных — минимум 150 петабайт.  «У нас есть четкий план, который состоит из многих этапов, в частности необходимо проработать вопросы о земельном участке, проектную документацию на строительство здания и так далее. Подчеркну — это один из базовых проектов программы “Академгородок 2.0”, потому что центр обработки данных и вычислений нужен всем институтам и всем остальным проектам», — сказал Михаил Федорук.

Михаил Федорук

Заместитель руководителя координационного совета проекта СНЦ ВВОД, директор Института вычислительной математики и математической геофизики СО РАН доктор физико-математических наук Михаил Александрович Марченко также сообщил, что в 2019 году достигнута договоренность с будущими ключевыми пользователями центра о проведении суперкомпьютерных вычислений и хранении данных в едином пространстве СНЦ ВВОД.

Андрей Юрченко

«Мы завершили то, что можно назвать концептуальным проектом — то есть сформировали основополагающий пакет документов, в частности готовы документы для подачи в федеральную адресную инвестиционную программу, — сказал заместитель руководителя координационного совета проекта СНЦ ВВОД, первый заместитель директора Института вычислительных технологий СО РАН кандидат физико-математических наук Андрей Васильевич Юрченко. — Сейчас у нас есть вся документация, чтобы продвигать этот проект в целях поиска поддержки».